CARA MELARUTKAN PRIMER

CARA MELARUTKAN PRIMER
Oleh : Agung Surono, S.Si

CARA MELARUTKAN PRIMER BUATAN SBS GENETECH :

Order number	Name	Sequence (5' - 3')	Length	MW	Tm	nmol	GC(%)
0930-33	1406F	AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG	20	6148,1	57,3°C	53,7	50,0

1. Sebelum dibuka tabung disentrifuse dengan kecepatan 1000 rpm selama 5 menit agar primer / oligo terkumpul di bagian bawah dari tabung.
2. Dianjurkan untuk melarutkan stock primer / oligo dengan steril 1x TE pH 8 (10 mM Tris pH 8,0, 0,1 mM EDTA) untuk penyimpanan yang lebih lama. Alternatif yang lain yaitu bisa menggunakan dH2O steril.
3. Untuk membuat stok beku dibuat konsentrasi stok 100 µM.
4. Tambahkan volume (µL) sebanyak 10 x nanomoles (nmol) akan menghasilkan larutan stok pada konsentrasi 100 µM.
Misalnya pada tabel di atas untuk membuat stok primer 1406F dengan konsentrasi 100 µM yang mempunyai angka nmol sebesar 53,7 maka untuk mencari volume TE atau dH2O yang harus ditambahkan adalah ; 53,7 x 10 = 537. Jadi dari perhitungan tadi maka volume TE atau dH2O adalah sebanyak 537 µL.
5. Ketika melarutkan primer / oligo dianjurkan untuk sambil digoyang dengan vortex. Akan tetapi tidak boleh mensentrifuge lagi agar mengendap setelah dilarutkan.
6. Untuk mencegah kontaminasi pada stok primer / oligo maka simpan stok primer / oligo pada suhu -20°C. Untuk mencegah pembekuan yang lebih lanjut sampel primer atau oligo dapat disimpan di kulkas pada suhu 4°C dalam jangka waktu yang pendek.
7. Tergantung acuan yang dipakai ada yan menggunakan 10 µM atau 20 µM.

CARA MELARUTKAN PRIMER BUATAN 1st BASE CUSTOM OLIGOS :

SynthID	Oligo Name	Sequence	Mod	Len	Scale	Purity	Tm(°C)	GC(%)	MW	OD	µg	pmol	To make 100 µM
1085009	Forward_LCO	5'-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3'		25	100 nmole	PCR Grade	58,0	32,0	7722	9,8	287,6	37248	add 372 µl of dH2O
1085010	Reverse_HCO	5'-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3'		26	100 nmole	PCR Grade	59,9	34,6	7980	9,6	285,6	35794	add 358 µl of dH2O

1. Sebelum dibuka tabung disentrifuse dengan kecepatan 1000 rpm selama 5 menit agar primer / oligo terkumpul di bagian bawah dari tabung.
2. Dianjurkan untuk melarutkan stock primer / oligo dengan steril 1x TE pH 8 (10 mM Tris pH 8,0, 0,1 mM EDTA) untuk penyimpanan yang lebih lama. Alternatif yang lain yaitu bisa menggunakan dH2O steril.
3. Gunakan data di tabel picomole (pmol) untuk menghitung buffer / dH2O untuk membuat konsentrasi stok primer / oligo.
4. Jika anda memutuskan membuat larutan stok primer atau oligo adalah 100 µM, kolom terakhir menunjukkan volume buffer / dH2O yang dianjurkan untuk ditambahkan ke tabung.
5. Ketika melarutkan primer / oligo dianjurkan untuk sambil digoyang dengan vortex. Akan tetapi tidak boleh mensentrifuge lagi agar mengendap setelah dilarutkan.
6. Untuk mencegah kontaminasi pada stok primer / oligo maka simpan stok primer / oligo pada suhu -20°C.
7. Tergantung acuan yang dipakai ada yang menggunakan 10 µM atau 20 µM.

CARA MELARUTKAN PRIMER BUATAN EUROGENTEC AIT CUSTOM OLIGOS :

Oligo Name	: BOX A1R
5'CTACGGCAAGGCGACGCTGACG3'
Delivered	: 11 OD	No. Bases	: 22	Synthesis Scale	: 50 nmole
	349 µg	MW	: 6770	Purification	: Desalted
	51.55 nmol	Tm	: 57.2	Delivery form	: Dry
Conc	: 516 µl to 100 µM			Quantity Control	: Maldi-TOF

1. Larutkan primer / oligo pada larutan steril TE pH 7 karena primer / oligo mungkin tidak larut pada aquadest steril. Jika saja ada penambahan NaOH pada aquadest maka pH akan mencapai 7 dan ini mungkin bisa menolong. Kemudian yang perlu dijadikan sebagai catatan bahwa bila primer / oligo dikirim dalam bentuk cair maka pelarutannya dengan menambahkan air steril yang bebas RNAse dan bebas ion (just water).
2. Konsentrasi larutan stok primer atau oligo yang dianjurkan yaitu 100 µM dan lihat bagian Conc dan disana terlihat jelas volume TE pH 7 yang diperlukan untuk membuat larutan stock primer / oligo yang 100 µM.
3. Ketika melarutkan primer / oligo dianjurkan untuk sambil digoyang dengan vortex. Akan tetapi tidak boleh mensentrifuge lagi agar mengendap setelah dilarutkan.
4. Untuk mencegah kontaminasi pada stok primer / oligo maka simpan stok primer / oligo pada suhu -20°C.
5. Tergantung acuan yang dipakai ada yang menggunakan 10 µM atau 20 µM.

Catatan :
Primer / oligo yang tidak dimodifikasi adalah molekul yang stabil dan dapat digunakan paling tidak setelah 12 bulan jika disimpan pada temperatur 20 °C. Untuk penyimpanan yang lebih lama, primer / oligo disimpan pada bentuk kering pada temperatur 20 °C. Jika primer / oligo disimpan dalm bentuk cairan, hindari siklus beku cair berulang-ulang karena proses ini akan memacu degradasi secara fisik dari primer / oligo tersebut.
Sedangkan untuk primer / oligo yang berlabel flouresent lebih riskan daripada primer / oligo yang tanpa modifikasi. Untuk memastikan berkualitas tinggi, primer / oligo penyimpanannya dilakukan pada bentuk kering pada temperatur -20°C. Primer / oligo yang ada modifikasi dengan label flouresent sebaiknya disimpan dalam gelap karena cahaya dapat secara pelan-pelan mendegradasi label flouresentnya. Primer / oligo yang berlabel flouresent dapat digunakan lebih dari 6 bulan jika disimpan pada kondisi gelap di temperatur -20°C.
Untuk penyimpanan dalam jangka waktu lama primer / oligo yang berlabel flouresent (kecuali Cy®5 dan Cy®3, disarankan bahwa primer / oligo dilarutkan dengan TE pH 8. Jika pH dibawah pH 7 primer / oligo mulai terlihat terdegradasi dan mungkin tidak dapat dipakai kurang dari beberapa minggu. Sedangkan Cy®5 dan Cy®3 mulai terdegradasi pada pH di atas 7.Untuk hasil yang lebih bagus larutkan primer / oligo yang berlabel Cy®5 dan Cy®3 pada pH 7 dan simpan pada temperatur -20°C.
Demikian keterangan cara melarutkan primer / oligo semoga ini bisa bermanfaat bagi kita semuanya. Dan yang jelas kita bisa memilih mana yang dirasa paling mudah untuk digunakan untuk penelitian molekuler anda. Dan bagi yang masih kurang jelas ataupun berminat untuk membeli primer / oligo yang telah diuraikan di atas bisa menghubungi saya :